De medezeggenschapsraad (MR) van De Fontein bestaat uit leerkrachten en ouders.
Een lid wordt voor een periode van twee jaar gekozen en mag maximaal 3 termijnen van twee jaar aanblijven. De directeur treedt tijdens vergaderingen op als vertegenwoordiger van de stichting Sophia Scholen. De MR houdt zich bezig met beleidszaken van de school. Hierbij heeft de raad instemming of adviesrecht. Enkele onderwerpen die besproken worden, zijn o.a. het formatieplan, het vakantierooster, het schoolplan, de schoolgids.